Covid-19. Ce que l’on sait de BA.4.6, ce nouveau sous-variant d’Omicron

Le sous-variant BA.4.6 a triplé en un mois au Royaume-Uni, ou il pèse désormais 11% des nouvelles contaminations. Aux Etats-Unis, il est identifié chez pas moins de 61% des nouveaux cas, selon les autorités sanitaires (CDC).

Et il est déjà présent en France, dans 2% des séquences analysées, comme dans de nombreux autres pays à travers le monde.

BA.5 reste dominant, mais…

Pour rappel, en France, le sous-variant dominant reste BA.5, qui représentent plus de 90% des contaminations depuis mi-juillet et la fin de la septième vague épidémique.

L’émergence de nouveaux sous-lignages est un phénomène évolutif normal et attendu. En l’absence d’un signal épidémiologique ou clinique, cela ne constitue pas un signal préoccupant en termes de santé publique

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Comme tous les autres virus, le Covid-19 a déjà muté des centaines de milliers de fois. Seules les versions les plus « avantagées » par leurs nouvelles caractéristiques parviennent à supplanter les autres – généralement parce qu’elles sont beaucoup plus transmissibles. En revanche, impossible de prédire leur dangerosité : ils peuvent tout aussi bien être moins meurtriers que plus virulents. Le variant Delta, en 2021, a remplacé une version beaucoup moins dangereuse du virus, avant d’être supplanté par Omicron, intrinsèquement moins meurtrier mais beaucoup plus contagieux.

Enfin, chacun des avatars du virus résiste plus ou moins bien aux vaccins et aux anticorps liés à une précédente infection: depuis l’arrivée d’Omicron, les vaccins se montrent beaucoup moins efficaces pour fécés réfection, contrer l’in les’in. Le lancement de vaccins « adaptés » à Omicron devrait améliorer la protection.

Un variant recombinant

Le sous-variant BA.4 a été détecté pour la première fois en janvier dernier, en Afrique du Sud. La diffusion massive de BA.5 ne l’a pas fait disparaître pour autant. Et pour l’heure, la façon dont BA.4.6 est apparu reste assez mystérieuse. Sa première détection remonte au 25 avril 2022.

Toutefois, selon Manal Mohamed, microbiologiste à l’université de Westminster dans The Conversation, il s’agirait d’un variant dit “recombinant “. Une recombinaison se produit lorsqu’une nouvelle version du virus émerge lors de la contamination d’une seule personne par deux variants en même temps.

Il a été repéré en France pour la première fois courant juin :

Au sein de BA.4, le sous-lignage BA.4.6 a été détecté pour la première fois lors de la semaine du 13 juin et sa détection au cours des enquêtes semble se stabiliser autour de 2%

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Un échappement immunitaire élevé

Assez récent, il n’a pas encore livré tous ses secrets. Il reste un « descendant » d’Omicron, donc une version très contagieuse et moins meurtrière que ne l’était le variant Delta, par exemple. Seules des observations en vie réelle, d’abord, pourront nous renseigner sur sa capacité à prospérer et sur les dégâts éventuels qu’il peut causer. Reste une autre inconnue, celle de l’échappement immunitaire :

BA.4.6 sera similaire à BA.4 à bien des égards, mais il porte une mutation de la protéine de pointe […]. Cette mutation R346T a été observée dans d’autres variants et est associée à l’évasion immunitaire

Manal Mohamed, microbiologiste at l’université de Westminster

« Ce qui signifie qu’elle aide le virus à échapper aux anticorps acquis lors de la vaccination et d’une infection antérieure», poursuit la chercheuse.

Selon une étude publiée en septembre par des chercheurs de l’université d’Oxford, la production d’anticorps serait encore moindre avec BA.4.6 qu’avec les autres sous-variants d’Omicron en circulation.

Une situation qui pourrait être résolue par la mise à disposition prochaine en Europe de vaccins adaptés spécifiquement contre Omicron. Selon Moderna, qui s’apprête à commercialiser un vaccin bivalent – en guise de rappel – contre la souche originelle et le sous-variant BA.1, cette version « se montre efficace contre l’ensemble des souches Omicron ».

Une autre hypothèse inquiète : sur BA.4.6, comme sur quelques autres sous-variants encore minoritaires, plusieurs traitements (Evusheld, Paxlovid…) deviendraient tout bonnement inefficaces, selon une étude de l’université Columbia

La vaccination reste la clé

Même avec les « anciens » vaccins – les nouveaux n’étant pas encore disponibles, et ne le seront d’abord qu’en rappel – la protection reste élevée contre les forms sévères du Covid-19.

Un schéma vaccinal complet (deux doses plus un rappel) confère, aussi, une protection contre l’infection, même si elle est bien moindre que face au virus originel.

Le président américain Joe Biden a carrément annoncé la fin de la pandémie ce dimanche – alors même qu’une huitième vague menace et que plus de 500 personnes meurent chaque jour du Covid aux Etats-Unis.

Nul ne peut savoir si BA.4.6 pourra s’imposer en Europe et/ou en France. Un petit successeur, BA.4.6.1, nettement plus contagieux, pourrait directement lui damer le pion.

La France subit depuis deux semaines le début d’une huitième vague épidémique, avec une augmentation de 50 à 70% des contaminations chaque semaine.

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